پس از تسليم شدن ايل شيباني و امراي طبس حاكم طبس كه از طرف حكومت مركزي تعيين مي شد بر گناباد نيز حكومت داشته و والي خراسان فقط بر آنها نظارت عاليه داشته و تا اوايل مشروطيت اين رويه برقرار بود تا اينكه در زمان حكومت پهلوي گناباد كاملا مجزا و مستقل شد در سال1316هجري شمسي كه قانون تقسيمات كشوري از تصويب مجلس گذشت و ده استان و 49 شهرستان براي ايران تعيين گرديد گناباد به خاطر موقعيت خاصي كه داشت مركز فرمانداري و شهرستان بزرگي گرديد و فردوس و طبس و كاشمر بعنوان بخشهاي آن انتخاب شدند كه بخشداران آنها بوسيله فرماندار گناباد تعيين ميشد بعد از شهريور 1320 ابتدا كاشمر و سپس فردوس از گناباد مجزا گرديدند و طبس هم بدليل اينكه مرز طبيعي با گناباد نداشت  پس از مدتي شهرستان مستقلي گرديد.